This problem can be tackled by using either profiles constructed from multiple sequence alignment or residue contact potentials calculated based on the local sequence environment.
ეს პრობლემა შეიძლება ან თანმიმდევრობების მრავლობითი გათანაბრებიდან პროფილების აგების საშუალებით გადავჭრათ ან ნაშთების კონტაქტის პოტენციალის გამოთვლით, რაც თანმიმდევრობის ლოკალურ გარემოს ეფუძნება.